摩萨德成立于1951年4月1日。成立之初，摩萨德有多种名称，“以色列秘密情报局”、“中心协调局”、“中心情报与安全局”。
在摩萨德成立伊始，这一时期的摩萨德局长伊塞·哈雷尔确立了以色列情报系统的性质。作为一个崭新的情报机构，摩萨德缺乏老牌情报机构所拥有的经验和传统，但他们敢于去摸索经验和创造自己的特色。当特工们接受了任务却不知如何去完成时，他们会被告知：“假如你被扔出了门，那就再从窗户钻进去。”正是凭借着这种坚持不懈的精神，年轻的摩萨德初露锋芒，并逐渐积累了自己的经验。
20世纪60年代，摩萨德完成了从人工情报向现代化情报工作的转变。梅厄·阿米特接替哈雷尔成为摩萨德局长。阿米特推出了更专业的招募和练习方法，并引进了计算机和其他技术手段。之后，美国大型企业的治理方式被引入摩萨德。摩萨德的海外情报搜集和特工步入了正规化的轨道。
20世纪80年代，先后担任以色列总理的贝京和沙米尔，均系特工出身。他们不仅对情报界的秘密行动很感爱好，而且鼓励情报机关实施令人振奋的历史性行动，企图以此恢复情报机构的活力和重塑国际形象。贝京常常大胆出击，并敢于冒险。因此在这一阶段，摩萨德特工以蛮干著称。
20世纪80年代末期，摩萨德领导人的观念发生了重大变化。他们虽大胆向部下授命，却忽视了治理，结果造成许多失误，内耗加剧，效率明显降低。