东京审判中，石原莞尔是作为证人出庭的。军事法庭检察团一开始就问他有没有什么话要说，石原说：“想说的话堆积如山，满洲事变的中央就是我这个石原，但是这个石原为什么不是战犯?这根本不合逻辑，所以想说的话堆积如山……”检察团只好赶快打断他。
在原原本本作完指证后，石原再次提出，他犯下的罪行当被作为战犯惩处，但这一要求无人理睬。当中国人都已经忘记了他时，还有谁会去起诉那个没有得罪苏联人、美国人，只得罪了东条英机的石原莞尔呢。
这个当年被称为“日本陆大有史以来最杰出的大脑”，曾讽刺靠着父荫爬上去的东条英机智力“只配做个上等兵”，所以，心胸狭隘的东条英机爬上陆军大臣席位时，他干脆被发配转为准备役。
但石原莞尔当年在日本是个对日军下层爱国愤青起了巨大示范效应的英雄。“918事变”时，石原莞尔是关东军作战参谋石原莞尔中佐(“佐”官即为“校”官)，参与者高级参谋板垣征四郎大佐，特务机关长土肥原贤二大佐，总参谋长三宅光治少将均是按照石原的计划行事，而司令官本庄繁中将扮演的只是默认角色。
石原莞尔之所以能号令关东军发动“918事变”，在于其“思想”影响了当时的日本军人。他很早就提出“满洲土地无主论”和“最终战役论”，后者即第二次世界大战将是日本领导的东方民族与美国领导的西方白人的大决战，他甚至预言将以核武器绝胜败。在中国被反复提起的田中奏折，在日本学界，都被认为并非事实，但又并非全然是中国人的造假，很多人认为它可能是石原莞尔这些人搞出来的。
“918事变”后，石原莞尔立即晋为大佐，升任参谋本部战役指导课课长，随后兼任参谋本部最核心的课长——第一部(作战部)作战课长。1937年升任参谋本部第一部部长，晋少将。石原莞尔等违反上级命令擅自发动侵略，不但未受惩罚，反加官晋爵，而不承认“满洲国”的犬养毅首相被“爱国青年”暗杀，这鼓励了日本中下级军官纷纷仿效，最终导致与中国的全面战役乃至发动对美国的战役。无疑，石原莞尔是日本侵华战役的罪魁祸首之一。
石原莞尔在“918事变”后影响之大，甚至政府在组内阁人选名单时都要征询这位大佐的意见。日本闻名指挥家小泽征尔的名字，即取自“板垣征四郎”的“征”和“石原莞尔”的“尔”。
具有讽刺意味的是，智力超群的石原莞尔曾反复力戒不可对中国轻启战端，否则会变成全面战役，而且，一旦变成全面战役，战、和的主动权将把握在中国手中，中国必然是以持久战拖垮日本，那他的“最终战”就完了。但“7·7事变”发生时，石原试图要求日军撤出长城以北，至少是不恶化冲突事态，但那些急于建功立业的后来者反问道，难道你忘记你自己是怎么干的了吗?
有人认为，假如石原未受东条英机这类“草包”的排挤，并能真正操控日本，也许中日两国将是另外一种命运。但是，历史有其自身规律，这位预言到了东条等人上台即意味日本覆亡，在二战刚结束就预言日本将以发展经济再度复兴、苏联集团将在冷战中自行崩溃消亡的石原莞尔，却偏偏没有想到，导致日本灭亡的魔鬼之门其实是由他发动“918事变”时亲自打开的。
晚年旅居美国的李宗仁，在检讨八年抗战中中日双方的优劣成败时这样认为：
“……日本既处心积虑要征服中国，就应乘欧洲多事之秋，一举把中国吞下。日本平时国防军有二十个师团，稍一动员便可递增至四、五十个师团。假如芦沟桥战事发动前夕，日本便动员全国，首批派遣三十个师团同时分途进犯。用闪电战方式，主力由平汉、津浦两路南下，另以一路出西北，实行战略上大迂回，占领兰州，一举切断中、苏的交通，并与沿陇海铁路西进的部队相呼应，夹攻陕西，占领西安，得陇望蜀，威胁成都。同时利用海道运输的便利，向长江、珠江两流域西进攻击，与其南下的主力军相呼应，使西南各省军队不能调至长江流域作战，则占领凇沪、南京、武汉、长沙等战略要地，既无异探囊取物。然后右路越秦岭占成都;中路上宜昌，穿三峡，入夔门，占重庆，左路经广西，向都匀，入贵阳。一举而占领中国各重要城市，将我方野战军主力摧毁，将零星游击队赶入山区，支解我们整体抵挡的局面，陷全国于瘫痪状态，并非难事。到那时，我政府只有俯首听命。等到大势已去，纵使我们的极端主战派也只好钳口结舌。则以蒋、汪为首的反战派和三日亡国论者自将振振有词，率全国人民屈服于暴力之下了。然后，一俟德、意向外侵略，欧战发展到顶点时，日本即可挟中国的人力物力向亚洲防卫力量薄弱的地区，进行狂风掳掠性的战役，则南进北进，均可游刃有余。如此，二次大战结束的面貌，恐将完全两样了。”(李宗仁口述、唐德刚撰写《李宗仁回忆录》)
日本在中国战场上的失败，是战略的失败，亦即它并没有达到征服中国的目的。