石原莞尔生于日本山形县鹤冈市，其父石原启介曾任鹤冈市警察署署长，用“武士道”精神教导石原莞尔要勇敢而不惧艰险，优越的家庭环境(在当时的日本农村，警察署署长是当地吃皇粮的大官)也使年幼的石原养成不信邪，不畏权势，颐指气使的作风。石原莞尔信仰“日莲教”，是田中智学的忠实信徒。
1904年，仙台陆军地方幼年学校。
陆军幼年学校有一门作业是写生，每星期的交两张写生，目的是为了打好将来的作战绘图基础，所以日本陆军将领大都画得一手好图。
边上还有一行字：“我的宝贝，画于厕所，十月一日”。
老师一看，怒不可遏。堂堂陆军幼年学校居然有人画这种淫画，还敢当作业交。这种混蛋学生不处分如何了得?
但是教员会议讨论的结果是：“15岁的小孩子，偶然恶作剧一下也没什么，而且也应该鼓励这种大胆的做法”。到底这个“大胆”是什么意思也没人弄得清晰，反正那个绘图教员是一怒之下拂袖而去，而这位“大胆”的学生没有受到任何处分。
几十年以后人们回忆起这件事时，总是很惋惜地说：“假如当时仙台陆军幼年学校开除了那个小孩，以后的亚洲历史可能就会改写”。
为什么?哪个小孩是谁?不是别人，就是那个大名鼎鼎，策划了“满洲事变”(日本人对9.18事变的称呼)，建立了满洲国，拉开了“十五年战役”序幕而后来又自告奋勇当战犯美国人都不理的石原莞尔。
其实石原莞尔的出名，还倒不是因为他策划了“9.18”，而是在1936年“绥远事变”的时候，当时已经荣升参谋本部战役指导课课长的石原莞尔大佐11月20日飞到现场想阻止，被武藤章(陆大32期，甲级战犯)调侃了一句：“石原桑，我们只不过是在重复先辈在满洲干过的事情，有什么不对吗”，这才出了名。
求学
1902年，进入仙台日本陆军地方幼年学校，1905年转入日本陆军中心幼年学校。1907年，进入日本陆军士官学校。1905年，以第21期步兵科第6名的成绩毕业。
1920年4月，被派往驻汉口的日军华中派遣队司令部，用一年多的时间考察了中国湖南、四川、南京、上海、杭州等地，搜集政治、经济和军事情报，形成“大陆扩张”侵略战略思想，总结出了对付中国军阀的办法——“比起武力会战，收买、宣传具有更大的价值”。
称为“7号”
1902年进入仙台陆军地方幼年学校第六期学习，以第三名的身份毕业，在此学习过程中，石原博览群书特殊是历史、哲学以及人物传记，尤其是喜欢读拿破仑的相关书籍，在考试时他总是以最简洁的语言完成答题(与他人刚好相反)，由于太多的与众不同，石原在同学们的眼中也是一个另类，被称为“7号”(精神病患者之意)，当时的学习分为学科(理论知识)和术科(体育，马术，军事技能等)，石原在学科上往往能轻松拿到高分，而在术科上成绩一般，这与他身体素质不出众有关。
选择步兵
供幼年学校毕业生们选的科目有骑兵，步兵，炮兵和工兵。其实日本陆军当时还有辎重兵，但是日军内部有句俗话：“辎重要是也算兵，蜻蜓也能算老鹰”，所以幼年学校毕业生不当辎重兵的，日军的集团抢劫习性其实是来源于这种轻蔑补给的传统。在没有航空兵的时代，各兵种中最让这些十来岁的小孩子们神往的就是挥舞马刀纵马驰骋的骑兵了。但石原莞尔没有选择骑兵，选择的是步兵。因为通过阅读各种书籍，石原已经开始形成了将来的作战是在中国大陆的想法，虽然这个想法还是刚刚露头，还没有完全成熟，但石原已经感觉到了未来大陆作战的主力是陆军，是步兵。
与师长关系恶劣
1907年毕业后，石原进入步兵第32联队当士官候补生，并于当年12月进入日本陆军士官学校学习，并以第21期步兵课第6名成绩毕业。(其实石原是第三名，但因为与老师的关系恶劣，被评定为第六，而前五能拿到天皇御赐的银怀表，后来石原被问及为何在陆军大学拿到第二时，石原的回答是“陆大没有品行分”。)
陆士毕业后重回第32联队，但与联队长关系不佳，在成立第63联队时，被推荐去63联队任职。
1915年考入日本陆军大学，1918年以第2名的成绩从陆大第30期毕业(实际上是第1名，由于在学习时过于狂妄自大，与老师关系不佳，故被剥夺了取得第一的资格)。石原人非常智慧。当时陆军大学校的功课是相称重的，学员开通宵做作业是常事。可石原永远似乎是无所事事，吃了饭就到处串门。石原特能侃，所以大家对他是又喜欢又讨厌：喜欢听他侃大山，但是一听他侃大山，作业怎么办?但石原就是这样轻轻松松地以次席的成绩毕业。
爱摄影
1922年7月赴德国留学，在此期间爱上了摄影，购买了一整套设备。军刀和照相机是石原一生的兴趣，后来现存很多918事件历史照片都是石原亲自拍摄的。
退役后的石原莞尔回到了他的故乡山形县的鹤岗。在东条英机派来的宪兵的监视下，继承搞他的“东亚同盟”，发表反东条言论。因为“满洲事变的英雄”和“前陆军中将”这两顶光环，宪兵们除了监视之外，也不敢直接对石原莞尔有什么不恭敬的行为。
1941年12月8日，东条内阁开始了太平洋战役。石原莞尔的评论是：“假如说这场战役需要1万元的话，英美实际上有100万元，而日本只有1千元，这种差异只能用战略来弥补，而不能用什么‘化不可能为可能’的口号来弥补。在战略上除了寻找敌方的弱点之外，还必须熟悉到我方所拥有的条件，战法，战士，特定兵器及其他战役手段的长处，只有依赖这些长处才能扩大敌人的弱点。军当局在第一阶段作战计划完成的现在提出下一阶段的战役计划，这个战役计划必须包含必要的生产增强数量和实行的手段方法及其可能性。”但是这时候已经不可能有人听得进石原的话了。战役的进程一步步印证着石原的说法，以致来监视他的很多宪兵都成了他的信徒。
石原莞尔之死
由于石原莞尔在关东时曾被自己所配军刀捅中裆部，导致尿道口撕裂，长期尿血引发膀胱癌。1949年8月15日，石原莞尔因膀胱癌病死家中，终年60岁。
从村内的中学退学
1902年9月，入学仙台日本陆军地方幼年学校
1905年9月，转学东京日本陆军中心幼年学校
1907年6月，授衔士官候补生，加入日本陆军第32联队
1907年12月，入学日本陆军士官学校
1909年5月27，日日本陆军士官学校毕业(第21期)
1909年12月25日，日本陆军步兵少尉，进入步兵第65联队
1910年4月在春川的日本军队中驻扎
1913年2月，晋升步兵中尉
1915年11月，入学日本陆军大学
1918年11月，日本陆军大学校毕业(第30期)
1919年4月，晋升步兵大尉，任步兵第65联队中队长
1919年7月，调入日军教育总监部
1920年4月，调入华中派遣队司令部，加入顷国柱会
1921年7月，任日本陆军大学教官
1922年7月，赴德国留学考察
1922年9月，驻德国
1923年2月，到达柏林
1924年8月，晋升步兵少佐
1925年10月，任日本陆军大学教官
1928年8月，晋升步兵中佐
1928年10月10日，调任关东军作战主任参谋
1931年9月18日，策划发动了九一八事变
1931年10月5日，任关东军作战课长
1932年8月8日，晋升步兵大佐，调入日本陆军兵器本厂(曾作日内瓦会议随员)
1933年8月1日，调任仙台步兵第4联队长
1935年)8月1日，调任参谋本部作战课长
1936年二?二六事件期间任戒严司令部参谋兼务，处理事变
1936年6月19日，调任参谋本部战役指导课长
1937年1月7日，调任参谋本部第1部长
1937年3月1日，晋升日本陆军少将，任参谋本部第1部长，卢沟桥事件爆发后，主张“不扩大方针”; 9月27日转任关东军副参谋长
1938年8月18日，兼任满州国日本大使馆日本陆军武官
任关东军副参谋长期间，就满洲国的统治方式跟关东军参谋长东条英机发生矛盾，被调回日本海内
1938年12月5日，调任舞鹤要塞司令官
1939年8月1日，晋升陆军中将，调任留守第16师団司令部
1939年8月30日，调任第16师团长
1941年，被参谋总长东条英机罢免职务，3月1日起等候命令，8月31日被转入准备役
在立命馆大学任教授教国防学
1946年，移居山形县饱海郡高瀬村(今游佐町)
1949年，8月15日死亡